Plaggerのインストールまでは試していませんが、とりあえずの応急処置はできましたので、5.8.7以前用のSOAPサーバも再起動してあります。いくつかテストが壊れていてアップグレードできていないパッケージがありますが、その辺はまた後日時間のあるときに対応ということで。
念のため、今回の問題はMath-BigIntのrecommendedを追加したことで発生したもの。PPM::Make等では参照されない部分なのでほかのリポジトリでは問題ないと思いますが、Plaggerなどのためにrecommendedセクションも追加するように改造されている方はご注意をば。